Em 1999, o Ministério da Saúde implementou o Projeto de Profissionalização dos Trabalhadores da Área de Enfermagem (Profae), com objetivo de promover a melhoria da qualidade da atenção à saúde. A qualificação profissional de auxiliares de enfermagem e técnicos em enfermagem é a principal meta do Profae, que também busca o fortalecimento das instituições que trabalham com Recursos Humanos da área de saúde, dando apoio técnico e financeiro para a qualificação e educação profissional.

O Senac foi um dos parceiros do Profae, que contemplou uma gestão centralizada no Ministério da Saúde e execução de forma descentralizada em estados e municípios. O projeto qualificou, de 2000 a 2005, em quase todo o Brasil, mais de 40 mil profissionais de enfermagem, entre auxiliares e técnicos.

Implantado em 2005 pelo governo federal, sob a coordenação da Secretaria Geral da Presidência da República, em parceria com os Ministérios da Educação, do Trabalho e Emprego e do Desenvolvimento Social e Combate à Fome, o Programa Nacional de Inclusão de Jovens: Educação, Qualificação e Educação Comunitária (ProJovem) também teve o Senac entre seus parceiros.

Coube à Instituição o desenvolvimento e a publicação de diversos materiais didáticos, bem como a capacitação de educadores e/ou multiplicadores para o desenvolvimento dos cursos em vários estados do país.